התיאוריה הרווחת לגבי הסיבה להופעת זקפת הבוקר קשורה לניתוק נוירונים במהלך השינה. אחרי 90 דקות של שינה, אנחנו מגיעים לשלב שנת ה-REM, שבו אנו חולמים את מרבית החלומות שלנו. השלב הזה מאופיין בתנועות עיניים מהירות, תפקוד גבוה של גלי המוח והאצת הדופק והנשימה.